最常见的眼睑病变是睑缘的圆盘状红斑和水肿。
在20%的系统性红斑狼疮患者中可发生继发性Sj6gren综合征，与其他风湿性疾病患者中所见到的干眼症不能区别。
视网膜血管病变是系统性红斑狼疮患者中最常见到的眼部病变。伴有或不伴有视网膜内出血的棉絮斑是最常见的病变。根据研究的人群和疾病的活动程度不同，发现棉絮斑的几率也有所不同。在门诊 系统性红斑狼疮患者中，仅在3%的人中发现棉絮斑;但在住院的活动性系统性红斑狼疮的患者中，发生视网膜血管病变的占28%左右。这些视网膜病变的发生与高血压无关，可能是由于系统性红斑狼疮的微血管病变而引起。
系统性红斑狼疮的视网膜血管改变与疾病的活动程度有关。棉絮斑与累及中枢神经系统的系统性红斑狼疮之间的关系尚有争论，至今尚未确定两者之间有肯定关系。在少数患者中，可发生严重的视网膜血管阻塞性疾病，可能与累及中枢神经系统的 系统性红斑狼疮相关联。视网膜血管阻塞性疾病包括视网膜中央动脉阻塞、视网膜中央静脉阻塞、视网膜分支动脉阻塞，以及更为常见的弥漫性视网膜血管阻塞。
系统性红斑狼疮引起的神经眼科的病变包括颅神经麻痹、狼疮性视神经病变、视交叉后中枢病变引起的视觉改变，后者包括幻觉和视野丧失。在系统性红斑狼疮患者中最常见到的视神经病变是球后视神经炎。但也有其他的视神经病变，如前部视神经病变伴有视乳头水肿、缺血性视神经病变和因狼疮性视神经病变导致的缓慢进行性的视功能丧失
